A Central de Dúvidas, que opera através do endereço cnae@ibge.gov.br, foi criada em 1998, como mecanismo de apoio ao usuário e de padronização na interpretação da CNAE. O objetivo da Central é possibilitar ao usuário esclarecer, de forma ágil, dúvidas a respeito da utilização da classificação de atividades econômicas.
A Central de Dúvidas funciona como um meio de comunicação com o usuário e de atualização do banco de descritores, sobretudo no que diz respeito às novas atividades, contribuindo, portanto, para o aperfeiçoamento da classificação e dos instrumentos de apoio.
A gestão da Central de Dúvidas é feita pela Coordenação das Estatísticas Econômicas e Classificações da Diretoria de Pesquisas do IBGE.